В области ножек мозга и четверохолмия в дне сильвиева водопровода расположены:
ядро IV нерва — n. trochlearis (соответственно задним буграм);
ядро III нерва — n. oculomotorii (соответственно передним буграм); оно расположено по отношению к сильвиеву водопроводу более дорсально, т. е. ближе к дну его, чем ядро п. trochlearis, которое расположено более вентрально, на уровне задних бугров четверохолмия.
Кроме ядер черепномозговых нервов, в мозговом стволе находится еще ряд скоплений серого вещества.
В продолговатом мозге расположены:
1) оливы — olivae inferiores, — имеющие отношение к экстрапирамидной системе и мозжечку;
2) ядра задних столбов, или ядра Голля и Бурдаха, расположенные: первое — в области clava, второе — в области tuberculum cuneatum; они представляют собой скопления клеток вторых нейронов тактильного и суставно-мышечного чувства;
3) сетевидная субстанция — formatio reticularis.
Сетевидная субстанция, или ретикулярная формация (описана Бехтеревым В.М. в 1885 г.) представляет собой скопление нервных клеток довольно однородного строения с короткими аксонами и весьма развитой сетью дендритов, устанавливающих многочисленные синаптические связи. У низших позвоночных ретикулярная формация группируется главным образом около ядер блуждающего, вестибулярного и тройничного нервов (К.Н. Третьяков). В стволовом отделе мозга млекопитающих, в том числе и у человека, сетевидная субстанция в виде сплошной массы располагается медиально, вблизи от ликворопроводящих путей (IV желудочек, сильвиев водопровод, III желудочек).